Lúc 1 giờ 55 ngày 21-11, đoàn tàu hàng 3405 do lái tàu Nguyễn Văn Thông và phụ lái Trương Minh Hưng (thuộc Chi nhánh Xí nghiệp đầu máy Đà Nẵng) điều khiển chạy vào đường số 3 thuộc ga Tiên An để dừng tránh tàu SE4. Trên đường vào ga Tiên An, lái tàu xử lý hãm không kịp thời dẫn đến đoàn tàu vượt mốc tránh va chạm, vượt cột tín hiệu vào ga phía Nam khi chưa có tín hiệu cho phép. Sau đó, lái tàu lại tự ý cho tàu lùi lại khiến ba toa bị trật bánh. Vụ tai nạn làm đường sắt Bắc-Nam ách tắc hơn sáu tiếng.
Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam yêu cầu Chi nhánh Xí nghiệp đầu máy Đà Nẵng bồi thường toàn bộ thiệt hại do vụ tai nạn gây ra. Ông Nguyễn Văn Thông bị sa thải, ông Trương Minh Hưng buộc phải chuyển công việc khác không liên quan đến chạy tàu. Năm cán bộ, lãnh đạo thuộc Chi nhánh Xí nghiệp đầu máy Đà Nẵng cũng chịu kỷ luật do liên đới trách nhiệm.