Vào năm 2003, thể theo nguyện vọng của Đảng bộ và Nhân dân tỉnh Quảng Trị, UBND tỉnh Quảng Trị đã thảo luận thống nhất với Đại học Huế về việc xây dựng và phát triển giáo dục đại học trên địa bàn tỉnh.
Để Đại học Huế mở rộng quy mô đào tạo tại tỉnh Quảng Trị, tiến tới thành lập trường Đại học Kỹ thuật tại tỉnh Quảng Trị, thúc đẩy sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Quảng Trị, ngày 24/8/2009, Bộ GD & ĐT có Quyết định số 5436/QĐ-BGDĐT về việc phê duyệt Dự án đầu tư xây dựng Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị, với tổng mức đầu tư hơn 256 tỷ đồng. Dự án có thời gian thực hiện từ năm 2010 - 2015.
Phân hiệu gồm 2 cơ sở, trong đó, cơ sở 1 có địa chỉ tại đường Điện Biên Phủ, phường Đông Lương, TP Đông Hà.
Cơ sở 2 có địa chỉ tại 133 Lý Thường Kiệt, phường Đông Lương, TP Đông Hà.
Tuy nhiên, hiện nay, phần lớn cơ sở vật chất thuộc Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị đang được cho các cơ quan, đơn vị khác thuê để đặt văn phòng hoặc trong tình trạng cửa đóng then cài.
Nhiều tấm pano, áp - phích bị vứt bữa bãi khắp nơi.
Rác thải vứt bừa bãi khắp nơi.
Cây cối cỏ dại mọc um tùm tại các lối đi.
Theo thống kê, hiện nay Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị đang có 73 sinh viên chính quy; 72 sinh viên đang học liên thông, văn bằng 2; 430 sinh viên, học viên thuộc các lớp hợp tác (353 học viên cao học, 77 sinh viên học văn bằng 2).
Báo cáo số 497/BC-ĐHH ngày 20/4, Giám đốc Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị nhận định: “Mặc dù nhận được sự quan tâm, đầu tư của Bộ GD & ĐT, Đại học Huế cũng như chính quyền địa phương nhưng nhìn chung hiệu suất sử dụng các hạng mục của Phân hiệu chưa cao, việc quản lý, sử dụng cơ sơ Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị chưa đáp ứng được yêu cầu, định hướng phát triển đã đề ra”.