Theo kết quả nghiên cứu và thống kê, hiện ở đảo Cồn Cỏ có khoảng 224 loài cá biển khơi trong tổng số khoảng 960 loài cá phân bố ở vịnh Bắc Bộ. Trong đó có 49 loài có giá trị kinh tế cao, 113 loài san hô cứng, 56 loài rong biển, 46 loài động vật đáy, 20 loài giáp xác, 87 loài cá rạn san hô, 164 loài thực vật phù du, 68 loài động vật phù du, và các loài quí hiếm như cá heo, rùa biển. Đặc biệt, Cồn Cỏ có một số loài hải sản quý hiếm đang có nguy cơ tuyệt chủng, có tên trong Sách đỏ Việt Nam như loài hải sâm mít, cầu gai đá nhum đỏ, cá đuối, cá nàng đào đỏ, cá cháo biển, cá mú sọc trắng, cá mú vân sáng, mực nang vân hổ, tôm hùm đá, ốc đụn…
Hệ sinh thái rạn san hô ở Cồn Cỏ được đánh giá là rất tốt và còn tương đối nguyên vẹn và có mức độ đa dạng loài cao trong khu vực vịnh Bắc Bộ. Tại Cồn Cỏ đã xác định được 113 loài san hô cứng thuộc 44 giống và 15 họ, phân bố xung quanh cả 4 mặt của đảo có tổng diện tích là 274ha. Độ phủ san hô ở Cồn Cỏ đạt 32,63% (san hô cứng 16,92%, san hô mềm 15,71%), theo thang xếp hạng của IUCN thuộc loại trung bình. Vùng ven đảo Cồn Cỏ đã phát hiện được 1 loài cỏ biển và 56 loài rong biển thuộc 3 ngành, 24 họ, trong đó đã xác định 14 loài có giá trị kinh tế cao. Vùng biển Cồn Cỏ đã phát hiện tổng số 87 loài/nhóm loài cá rạn san hô, thuộc 46 giống, 25 họ…
Thực vật phù du có 164 loài thuộc 3 ngành tảo si líc, tảo giáp và tảo lam, trong đó tảo silíc chiếm ưu thế 133 loài, tảo giáp 24 loài, tảo lam chỉ có 7 loài. Động vật phù du có 68 loài/ nhóm loài, trong đó nhóm giáp xác chân chèo có tỷ lệ cao nhất 50 -99%. Động vật thân mềm cỡ lớn có giá trị kinh tế cao như ốc nón, bàn mai, trai ngọc, ốc đá, cua đá, bào ngư, ốc, ốc chóp, điệp, ghẹ… Giáp xác có 9 loài, trong đó có nhiều loài có giá trị kinh tế cao như tôm hùm, cùm đá, ghẹ đá, ghẹ hoa, tôm he, moi. Vùng biển Cồn Cỏ đã ghi nhận được sự xuất hiện của rùa biển, cá heo, tôm hùm…đây là những loài thuộc danh mục bị đe doạ tuyệt chủng.
Những năm qua,được sự hỗ trợ của Hợp phần sinh kế bền vững bên trong và xung quanh các Khu bảo tồn biển-Hợp phần LMPA thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT trong công tác tuyên truyền, giới thiệu tập huấn và hướng dẫn quản lý Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ, triển khai các chương trình hỗ trợ sinh kế cho người dân bị ảnh hưởng bởi khu bảo tồn biển, khảo sát lắp đặt hệ thống phao dấu phân vùng bảo vệ nghiêm ngặt của khu bảo tồn tạo điều kiện thuận lợi cho công tác bảo vệ và quản lý được hiệu quả hơn. Đồng thời Hợp phần LMPA đã hỗ trợ tư vấn xây dựng kế hoạch quản lý 5 năm giai đoạn 2011-2015, nhằm giúp quản lý một cách hiệu quả Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ.
Sau khi BQL Khu bảo tồn đi vào hoạt động đã đẩy mạnh điều tra, nghiên cứu, công tác giám sát đánh giá các hệ sinh thái, tài nguyên biển. Tiếp tục phối hợp với các đối tác trong việc triển khai các đề tài khoa học, nghiên cứu, thử nghiệm nuôi cấy san hô, phục hồi nguồn lợi biển trong Khu bảo tồn đảo Cồn Cỏ được kịp thời và đạt hiệu quả cao. Thời gian qua BQL đã điều tra giám sát được nhiều loài san hô quý trong khu bảo tồn biển như loài san hô đen, san hô đỏ, san hô càn, san hô tấm; các loài cá nổi có giá trị kinh tế cao, các loài giáp xác đặc trưng như cua biển, ghẹ xanh, tôm sú, tôm hùm bông; loài thân mềm như trai tai tượng ngọc nữ, bào ngư hình bầu dục, vẹm xanh. Ngoài ra còn có nhiều loài khác như cá hải quỳ, cá bướm, cá mao tiên, cua đá, rùa biển, trai tai tượng, bào ngư, vẹm xanh, ốc đụn, ốc gai, sò lông, hải sâm, sao biển, cầu gai…
BQL Khu bảo tồn đã phối hợp với các đối tác trong việc triển khai các đề tài khoa học, nghiên cứu, thử nghiệm nuôi cấy san hô, phục hồi nguồn lợi biển trong Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ được kịp thời và đạt hiệu quả cao. Từ năm 2011, BQL đã phối hợp với Viện nghiên cứu hải sản tiến hành trồng mới 360 tập đoàn san hô cứng tại Bến Nghè, sau 230 ngày tỷ lệ sống đạt 71,1% và sau 4 năm, đến năm 2015 thì một số tập đoàn san hô đã phủ nền đáy khoảng 1/10 m2 .
Đề xuất đề tài điều tra đánh giá nguồn lợi và đa dạng sinh học Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ của Viện Hải dương học Nha Trang; tiếp tục phối hợp triển khai các đề tài nghiên cứu Hệ sinh thái biển đảo Cồn Cỏ của Trường ĐHKH Hà Nội, Trường ĐHKH Huế; nghiên cứu đa dạng sinh học và các chất có hoạt tính sinh học của hải miên tại đảo Cồn Cỏ; tham gia đề tài đánh giá nguồn lợi hệ sinh thái Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ, đề tài nghiên cứu về giá trị môi trường và sinh thái tại đảo tiền tiêu Cồn Cỏ của Viện tài nguyên và môi trường biển (IMER); triển khai chương trình bảo vệ và cứu hộ rùa biển hàng năm với tổ chức Bảo tồn thiên nhiên thế giới IUCN.
BQL Khu bảo tồn đã triển khai đề tài: “Điều tra hiện trạng cua đá tại đảo Cồn Cỏ”, kết quả nghiên cứu làm cơ sở để xây dựng các giải pháp quản lý bền vững nguồn lợi cua đá tại đảo và nâng cao năng lực quản lý tài nguyên và môi trường, thu thập kiến thức và kinh nghiệm trong công tác xây dựng và quản lý dự án có sự tham gia của cộng đồng. Xây dựng đề xuất các chương trình nghiên cứu khoa học, điều tra đánh giá nguồn lợi sinh vật biển đảo Cồn Cỏ 2015-2016 và giai đoạn 2016-2020 chương trình điều tra bổ sung bảo tồn gen của các loài động, thực vật quí hiếm Khu bảo tồn đảo Cồn Cỏ.
Tiến hành từng bước điều tra thu thập mẫu vật,phân loại các loài sinh vật dần xây dựng bộ cơ sở dữ liệu về sự đa dạng sinh học của Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ. Ngoài công tác bảo tồn thì nhiệm vụ tuần tra giám sát đã được BQL Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ tích cực phối hợp với các đơn vị liên quan như Biên phòng, Kiểm ngư, Công an huyện...nhằm xử lý các vụ việc vi phạm bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ môi trường biển ở đảo Cồn Cỏ ngày càng nghiêm ngặt và hiệu quả hơn.
Tân Nguyên