Khu thứ nhất là khu công nghiệp đa ngành, đa lĩnh vực được bố trí ở khu vực trung tâm của khu vực quy hoạch, giáp đường trục chính Khu Kinh tế Đông nam Quảng Trị và đường trung tâm trục dọc Khu kinh tế, diện tích 2.041 ha. Là khu công nghiệp tổng hợp, đa ngành với nhiều loại hình công nghiệp, ưu tiên cho các loại hình công nghệ tiên tiến sử dụng lao động có tay nghề cao, thân thiện với môi trường.
Khu thứ hai là khu đô thị mới Nam Cửa Việt nằm ở phía bắc khu vực quy hoạch, có diện tích 1.263 ha. Là khu đô thị mới phục vụ công nghiệp, du lịch và dịch vụ gắn với đào tạo; cấu trúc không gian theo hướng sinh thái, được phát triển trên cơ sở đô thị hóa các điểm dân cư làng xóm hiện hữu.
Khu thứ 3 là khu trung tâm cộng đồng, điều hành ở phía Đông Nam khu vực lập quy hoạch và sát biển thuộc xã Triệu Lăng có diện tích khoảng 378 ha. Là trung tâm thương mại, dịch vụ và tài chính ngân hàng, văn phòng, khách sạn, nhà ở chung cư chất lượng cao; trung tâm điều hành quản lý toàn bộ Khu Kinh tế Đông Nam, kết hợp hệ thống quảng trường, công viên, không gian mở ven biển tạo nên một tổng thể không gian hiện đại.
Khu thứ tư là khu du lịch sinh thái nghỉ dưỡng ven biển, có diện tích khoảng 300 ha, vị trí nằm bám dọc biển của Khu kinh tế, thuộc xã Triệu Vân; hình thành khu du lịch sinh thái biển kết hợp bãi tắm công cộng phục vụ người dân và công nhân tại các khu công nghiệp trong khu vực.
Khu thứ năm là khu hiện trạng cải tạo, có diện tích khoảng 1.547 ha, nằm phía Đông nam đường trung tâm trục dọc Khu kinh tế. Là khu hỗn hợp các chức năng bao gồm khu dân cư làng xóm hiện hữu cải tạo chỉnh trang; tái định cư; dịch vụ - thương mại - ở hỗn hợp; hành lang xanh và vùng đệm bảo vệ.
Quy hoạch phân khu đã được phê duyệt sẽ đảm bảo đáp ứng lâu dài cho nhu cầu hoạt động của các khu chức năng và tăng cường thu hút các dự án đầu tư vào Khu Kinh tế Đông Nam Quảng Trị. TL-VPTU