Khu Bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ có diện tích 4.532 ha , được chia thành 3 phân khu: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt; Phân khu phục hồi sinh thái; Phân khu dịch vụ hành chính và vùng đệm của Khu Bảo tồn biển.
Trong đó, Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích 534 ha, được tính từ mép nước chân đảo (mức thủy triều thấp nhất) ra phía ngoài từ 400 - 700 m tùy thuộc vào phân bố của các rạn san hô và đến độ sâu tối đa 15 m nước và được chia làm 2 tiểu phân khu.
Phân khu phục hồi sinh thái được tính từ mép đường ranh giới của phân khu bảo vệ nghiêm ngặt ra phía ngoài khoảng từ 1.000 - 1.700 m, tùy thuộc vào phân bố của các rạn san hô và đến độ sâu 14 đến 20 m nước. Diện tích của Phân khu phục hồi sinh thái là 1.392 ha và được chia thành 2 tiểu phân khu.
Phân khu dịch vụ - hành chính có tổng diện tích là 2.376 ha, nằm kế tiếp phân khu phục hồi sinh thái, được giới hạn trong phạm vi một đường tròn hở quanh đảo với điểm đầu xuất phát từ phía Đông Nam Bến Hà Đông và điểm cuối kết thúc ở phía Đông Bắc Bến Hà Đông. Phân khu này nằm trong phạm vi vùng biển quanh đảo trừ diện tích của phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phân khu phục hồi sinh thái, khu vực cảng cá, khu vực diễn tập Quân sự.
Vùng đệm Khu Bảo tồn biển bao gồm: a) Vùng đệm bên trong Khu Bảo tồn biển là diện tích nổi của đảo có diện tích 230 ha; b) Vùng đệm bên ngoài Khu Bảo tồn biển là vùng biển tiếp giáp với ranh giới phía ngoài của phân khu dịch vụ hành chính trở ra, có độ rộng 300 - 500 m.
Tỉnh khuyến khích các hoạt động nhằm phục hồi hệ sinh thái, tái tạo nguồn lợi thủy sản, bảo vệ và tăng cường tính đa dạng sinh học của Khu Bảo tồn biển và phải được sự cho phép của Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển. Hằng năm, căn cứ kết quả đánh giá diễn biến tài nguyên môi trường, Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển có trách nhiệm đề xuất xây dựng kế hoạch nuôi trồng, tái tạo và khai thác nguồn lợi thủy sản trong Khu Bảo tồn biển một cách hợp lý; xác định các khu vực ưu tiên dành riêng cho cộng đồng ngư dân trong khu vực bảo tồn để nuôi trồng, khai thác thủy sản. Các hoạt động nuôi trồng, khai thác thủy sản tiến hành trong Khu Bảo tồn biển phải tuân thủ đầy đủ những quy định về bảo vệ môi trường, sinh cảnh, phòng chống dịch bệnh, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản. Khuyến khích áp dụng các hình thức nuôi trồng thủy sản sinh thái không gây ảnh hưởng xấu đến môi trường sống của các loài thủy sinh vật theo kế hoạch, quy hoạch được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Khuyến khích các hoạt động nghiên cứu khoa học nhằm mục đích bảo vệ và phát triển Khu Bảo tồn biển; tổ chức các hoạt động nghiên cứu, ứng dụng, chuyển giao khoa học công nghệ để nâng cao năng suất sản xuất, đa dạng hóa ngành nghề, cải thiện đời sống cho cư dân trong và xung quanh Khu Bảo tồn biển. Hoạt động thăm dò tài nguyên, khoáng sản; khảo sát, khảo cổ dưới nước trong Khu Bảo tồn biển phải được cơ quan có thẩm quyền cho phép và phải tuân thủ các quy định pháp luật hiện hành về bảo vệ môi trường và các quy định pháp luật khác có liên quan.
Hạn chế sử dụng phân bón hóa học, các hóa chất, thuốc bảo vệ thực vật trong canh tác nông nghiệp; chăn nuôi gia súc phải nhốt chuồng và xử lý chất thải để không ảnh hưởng đến môi trường Khu Bảo tồn biển. Khuyến khích sử dụng các loại phân bón hữu cơ, phân vi sinh, canh tác theo Chương trình quản lý tổng hợp cây trồng, không gây ảnh hưởng xấu đến hệ sinh thái và đa dạng sinh học Khu Bảo tồn biển.
Việc tổ chức các hoạt động du lịch, văn hóa, thương mại không được làm ảnh hưởng xấu đến nguồn lợi, sinh cảnh của Khu Bảo tồn biển. Các dự án phát triển du lịch trong Khu Bảo tồn biển phải được Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển thống nhất trước khi trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Khuyến khích cộng đồng cư dân tham gia các hoạt động du lịch, thương mại, văn hóa và các hoạt động khác không bị cấm trong Khu Bảo tồn biển. Tất cả các hoạt động du lịch, văn hóa, thương mại trong Khu Bảo tồn biển đều phải tuân thủ sự kiểm soát của Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển và các cơ quan chức năng theo quy định của pháp luật.
Các phương tiện giao thông đường thủy phải tuân thủ quy định về phương tiện thủy nội địa được quy định tại Luật Giao thông đường thủy nội địa. Các dự án nạo vét luồng lạch trong Khu Bảo tồn biển khi thực hiện phải được sự thống nhất của Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển và phải được thẩm định, đánh giá tác động môi trường của cơ quan có thẩm quyền. Lê Trang (tổng hợp)