Thời gian qua, Ban Nội chính Tỉnh uỷ đã phối hợp chặt chẽ với các cơ quan khối nội chính tham mưu Ban Thường vụ Tỉnh ủy ban hành các văn bản lãnh đạo, chỉ đạo về công tác nội chính và PCTN. Phối hợp với các cơ quan trong công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát; công tác cán bộ; công tác bảo vệ chính trị nội bộ; công tác giải quyết đơn thư khiếu nại, tổ cáo; công tác rà soát kết luận thanh tra kinh tế - xã hội; phối hợp giải quyết các vụ việc, vụ án thuộc diện Thường trực Tỉnh ủy, Ban Nội chính theo dõi, chỉ đạo; công tác tuyên truyền về lĩnh vực nội chính và PCTN. Phối hợp với các cơ quan, đơn vị tham mưu Ban Thương vụ Tỉnh ủy báo cáo phục vụ Đoàn công tác số 5 của Ban Chỉ đạo Trung ương về PCTN .
Công tác phối hợp giữa Ban Nội chính Tỉnh ủy với các cơ quan đã tạo được chuyển biến tích cực, rõ nét, từng bước đi vào chiều sâu và có hiệu quả thiết thực. Cơ bản đã thực hiện đúng nguyên tắc, trách nhiệm và nội dung phối hợp; mối quan hệ công tác giữa các phòng nghiệp vụ, cán bộ, chuyên viên của các cơ quan với các phòng nghiệp vụ, cán bộ, chuyên viên của Ban Nội chính Tỉnh uỷ ngày càng chặt chẽ; chất lượng công tác được nâng lên. Tuy nhiên bên cạnh đó vẫn còn có những hạn chế nhất định: Một số cơ quan mới ký kết trong thời gian ngắn vì vậy việc trao đổi thông tin giữa hai bên chưa nhiều, nhất là các vụ việc mới nổi có lúc chưa kịp thời; còn hạn chế trong việc tiếp nhận, trao đổi thông tin ở cấp phòng (tham mưu); một số cơ quan chưa quán triệt, nghiên cứu kỹ nội dung phối hợp được quy định trong quy chế cho cán bộ, công chức; chưa duy trì tốt việc trao đổi, cung cấp thông tin theo quy chế phối hợp, nhất là những thông tin về kết quả kiểm tra, giám sát, thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, công tác cán bộ và tình hình nổi lên trong tỉnh thuộc ngành, lĩnh vực mình phụ trách.
Năm 2018, Ban Nội chính đã ký kết quy chế phối hợp với 17 cơ quan (Đoàn ĐBQH tỉnh; UBMTTQ Việt Nam tỉnh; Ban Tổ chức Tỉnh ủy; Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy; Công an tỉnh; BCH Quân sự tỉnh; BCH Bộ đội Biên phòng tỉnh; Đảng ủy Khối các cơ quan tỉnh; Đảng ủy Khối Doanh nghiệp tỉnh; Tòa án nhân dân tỉnh; Viện kiểm sát nhân dân tỉnh; Thanh tra tỉnh; Sở Tư pháp; Sở Thông tin và Truyền thông; Báo Quảng Trị; Đài Phát thanh và truyền hình tỉnh; Ngân hàng Nhà nước Chi nhánh Quảng Trị).
Để nâng cao hiệu quả phối hợp giữa Ban Nội chính Tỉnh ủy với các cơ quan, đồng chí Phan Văn Phụng, UVTVTU, Trưởng Ban Nội chính Tỉnh ủy đề nghị các đơn vị cần phối hợp tham mưu tốt cho Ban Thường vụ Tỉnh ủy về các chủ trương, chính sách về công tác nội chính, PCTN và cải cách tư pháp; phối hợp thực hiện tốt các nội dung kiến nghị của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng; tham mưu giải quyết các vụ án, vụ việc khiếu nại, khiếu kiện kéo dài; tiếp tục quán triệt về quy chế, các nội dung phối hợp cho cán bộ, công chức, viên chức trong cơ quan, đơn vị mình để thực hiện hiệu quả hơn công tác phối hợp trong thời gian tới. Nha Trang-Ban Nội chính Tỉnh uỷ